A funkcionális adaptáció olyan struktúra vagy viselkedés, amely valamikor egy faj evolúciós történetében alakult ki, hogy segítse az adott faj vagy elődei túlélését. A vízálló tojáshéj például egy funkcionális adaptáció, amely a hüllők körében jött létre, válaszul arra, hogy száraz, kiszáradó környezetben kellett tojást tojniuk, ahol az áteresztő tojáshéj kiszáradt volna.
A funkcionális adaptációk az evolúció középpontjában állnak. Azokat a struktúrákat, amelyek növelik egy szervezet túlélési valószínűségét, a természetes szelekció erősen támogatja, így nemzedékről a másikra egyre nagyobb számban jelennek meg, amíg a tulajdonság rögzül, és a populáció minden tagja rendelkezik velük. Néha a funkcionális adaptációk áttérnek egyik funkcióról a másikra. Példa erre a toll. A tollak a mezozoikum idején jelentek meg bizonyos dinoszauruszfajok szigeteléseként. Ezeknél a fajoknál szigetelésként funkcionáltak. Idővel néhány toll alakja megváltozott, hogy lehetővé tegye a repülést a modern madarak ősei között. A tollak így új funkciót kaptak a madarak evolúciója során.
Az egyszer működő adaptációk elveszíthetik funkciójukat. Ezek a maradandó adaptációk nem mindig haszontalanok. Az emberi farkcsont vagy a farokcsont a maradvány adaptáció példája. Még mindig az izmok kötődési pontjaként szolgál, de úgy tekintik, hogy az ősi formákhoz képest jelentősen csökkent funkciója van.
